Les affinités définissent le type de technique ninjustu que vous pouvez utilisez. Il en existe 5 principales : Katon, Suiton, Fuuton, Doton et Raiton. Chacune a un avantage et un inconvénient :
Suiton > Katon > Fuuton > Doton > Raiton > Suiton
Il existe également des affinités dérivés : Le Hyoton, art d'utiliser la glace, combinant le Fuuton et le Suiton. Il est efficace face aux Katon et au Doton, mais faible face au Raiton. Il existe aussi le Mokuton, art d'utiliser le bois, mélange de Suiton et de Doton, fort face au Raiton et au Katon. Pour finir, on trouve le Kinton, définissant le métal, utilisant les affinités Katon et Doton. Cette affinité est très efficace face au Fuuton et au Raiton, mais présente des faiblesses contre une attaque Suiton.
Chaque ninja peut avoir un certain nombre d'affinités selon son niveau :
- Les genins ne peuvent en avoir qu'une
- Les chuunins deux
- Les juunins et grades supérieurs jusqu'à trois affinités
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Concernant les grades permettant des privilèges :
Les ninjas de niveau supérieurs (Juunin ou supérieur) peuvent avoir des élèves. Ils peuvent avoir chacun jusqu'à trois genin, ou jusqu'à deux chuunins maximum. Le ninja supérieur peut avec ses élèves, en plus des entrainements, remplir des missions en équipe. Cependant, une équipe d'un ninja supérieur avec trois genin ne pourra remplir des missions au dessus du rang B.
Concernant les kage, chef de village, ils ne doivent pas faire n'importe quoi. Les trois quarts du temps, ils doivent rester dans leur village pour s'occuper de dossiers, attribuer des missions ou aider des citoyens. Néanmoins, de temps à autres, ils sortent du village pour négocier des accords avec leur partenaire ninjas venant d'autres villages cachés, ou récupérés des informations sur des dangers. Ils peuvent également prendre sous leur coupe trois genin pour les entrainer. Sachez qu'un kage ne fait jamais de missions, même s'il a des élèves
Les anbus sont la garde rapprochés des Kage. Ils ne peuvent donc exécuter de missions normales. Ils sont présent au village pour donner de l'aide et protéger leur chef, mais servent aussi d'espion pour le village, ils remplissent des missions secrètes et spéciales uniquement.